1. Besuch
Nach dem Bericht über seinen Besuch in Quiriguá fuhr Maudslay in seinem 1881er Feld-Tagebuch "Log 1" mit der Beschreibung seiner Reise nach Copán fort.

Auf dem Weg zu dem im Westen von Honduras gelegenen Ruinenort Copán passierte Maudslay Zacapa, Chiquimula, Jocotán und Cachapa.
Die Reise durch das östliche Hochland Guatemalas bot wunderbare Ausblicke. Maudslay schreibt: "The hills were all pine clad and the green of the pine has stood out well against the brown dried up soil and the views were continually changing and beautiful. The scent of the pines was strong and very delicious."¹⁰⁷ Das Land erinnerte ihn stellenweise an das schottische Hochland.
In dem Ort Copán angekommen, quartierte Maudslay sich im Cabildo ein. Der Ort befinde sich, so Maudslay, etwa eine Dreiviertel-Meile von der Hauptgruppe der Ruinen entfernt und bestehe aus einer Ansammlung "of a dozen miserable shanties inhabited by half-castes".¹⁰⁸

Die im Fluß-Tal des Río Copán gelegenen Ruinen von Copán wurde bereits 1576 in einem auf den 8. März datierten Brief des spanischen Licenciado Diego Garcia de Palacio an Philipp II. von Spanien beschrieben.¹⁰⁹ Palacios Beschreibung, schreibt Maudslay, "might have been written by any intelligent visitor within even the last few years"¹¹⁰, während die nächstspätere Beschreibung der Ruinen aus dem Jahr 1700 in dem Manuskript von Francisco de Fuentes y Guzman, der "Recordación Florida"¹¹¹, "absurd" sei, beschreibe Fuentes y Guzman doch perfekt erhaltene Gebäude, wo schon Palacio nur noch Ruinen gesehen hatte.
Wiederum über 100 Jahre später besuchte Colonel Juan Galindo die Ruinen von Copán. 1834 von der guatemaltekischen Regierung dorthin gesandt, um die Stätte genauer zu untersuchen, schrieb er einen Bericht für die Regierung und einige kurze Briefe an wissenschaftliche Gesellschaften und ausländische Zeitschriften.
1840 schließlich gelangten Stephens und Catherwood relativ zu Anfang ihrer ersten mittelamerikanischen Reise nach Copán. Durch ihre vielgelesenen Reisebeschreibungen gewann auch Copán an Bekanntheit.
Stephens war von Copán so begeistert, daß er beschloß, die Ruinen zu kaufen. Es gelang ihm, das Land, auf dem die Ruinen stehen und die es in den Augen des damaligen Besitzers José Maria Asebo nutzlos werden ließen, für 50 Dollar zu erstehen.

Mit Hilfe des Plans und der Beschreibungen, die Catherwood und Stephens 41 Jahre vor ihm angefertigt hatten, sichtete Maudslay alle Ruinen und Monumente, von deren Existenz bis dahin Kenntnis bestand. Er machte Skizzen und Fotografien, ehe er am 7. Februar Copán in Richtung Esquipulas verließ.

2. Besuch
Maudslays zweiter Aufenthalt in Copán fand 1885 statt, "when I had already gained some experience in investigating Indian ruins"¹¹². Er wurde von dreien der López-Brüder, Gorgonio, Carlos und José Domingo, begleitet, und etwas später kam auch Mr Giuntini an, der Maudslay, wie in Quiriguá im Jahr 1883, beim Anfertigen von Abdrücken der Stelen helfen würde. Da Giuntinis Schiff später als erwartet eintraf, weil es unterwegs repariert werden mußte, nutzte Maudslay die Wartezeit für einen Besuch der nahegelegenen Ruinen von Chaculjá an einem Seitenarm des Río Polochic. Danach traf er den inzwischen eingetroffenen Giuntini in Izabal. Sie beluden die Maultiere mit den Vorräten, Materialen für die Abdrücke und weiterem Ausrüstungsgerät und machten sich auf den Weg nach Copán, wo sie am 26. Februar eintrafen. Der normalerweise etwa drei Tage dauernde Ritt von Izabal nach Copán dauerte nun, da die Maultiere so schwer beladen waren, doppelt so lange.
Hierzu schreibt Maudslay in der "Biologia Centrali-Americana":
"The list of baggage was a long one, for, in addition to supplies of food, we needed for our work the following articles: -axes, picks, crowbars, and other tools, surveying and photographic apparatus, photographic dry-plates and chemicals, lime, bales of moulding-paper, and four tons of plaster of Paris."¹¹³

Sie blieben bis Anfang Juni in Copán. Das Klima in dem knapp 600m über Meereshöhe gelegenen Ort war in den Monaten März bis Mai nahezu perfekt. Es gab genügend Wasser und fast keine Moskitos - dafür aber "Myriaden" von Zecken, "a still worse pest [...] which, at the beginning of the dry season, swarm over every leaf and blade of grass"¹¹⁴.

Wirklich gefährdet wurde ihre Arbeit durch den Ausbruch eines Krieges zwischen Guatemala und Honduras auf der einen und San Salvador und Nicaragua auf der anderen Seite. Fast alle von Maudslays Arbeitern wurden eingezogen, so daß ihm nur noch einige Alte und ein paar Vagabunden blieben. In der Ortschaft Copán befürchtete man jeden Moment das Eintreffen der feindlichen Truppen, und Freunde aus Guatemala-Stadt rieten Maudslay dringend, den Ort zu verlassen und sich bis zur Küste durchzuschlagen. Doch Maudslay wollte nicht; er hatte andere Sorgen. Man hatte ihm der unruhigen Zeiten wegen nicht das Silber geschickt, mit dem er seine Arbeiter bezahlen wollte. Zu seiner großen Freude erklärten diese sich jedoch bereit, weiterhin zu kommen und zu arbeiten; Maudslay würde sie schon bezahlen, wenn er wieder Geld hätte. Sie kratzen sogar selbst Geld zusammen und liehen es ihm damit er die von außerhalb kommenden Arbeiter bezahlen konnte.
So schreibt er: "I did not [..] expect the confidence and support which I received from the villagers, who had looked upon me anything but favourably when first I came amongst them, and who themselves bore a most unenviable reputation, which I am delighted to have an opportunity to refute; for, although very lazy and with a deep-rooted fear of soap and water, I found them to be truthful, good tempered, and remarkably honest. When I was reduced to my last dollar, not only did the men left in Copan and the neighbourhood volunteer to go on working for me, saying that they knew I would pay them when I could receive the money to do so, but they actually scraped together the few dollars which could be found in the village and lent them to me, so that I could pay off some workmen who came from distant villages, and were obliged to return to their homes."¹¹⁵

Dann wurde in einer Schlacht in der Nähe von Esquipulas der guatemaltekische Präsident General Barrios ("who had always been a good friend to me during my previous expeditions"¹¹⁶) getötet. Der Krieg wurde beendet, und einige von Maudslays Arbeitern kehrten nach Copán zurück.

Eine weitere Katastrophe war die Pocken-Epidemie, die in der Umgebung von Copán - wenn auch nicht im Ort selbst - herrschte. Viele der umliegenden Dörfer fand Maudslay völlig verlassen vor, nur die frischen Gräber zeugten von den zahlreichen Todesfällen, die zur Flucht der überlebenden Einwohner geführt hatten.

Die Arbeit in Copán jedoch ging weiter. Viele Bereiche mußten zunächst von Bäumen und Unterholz gereinigt werden. Die ebenen Plazas waren jedoch schon baumfrei; hatten doch die Anwohner diese Flächen für ihre Anpflanzungen verwendet. Das Vorbereiten den Bodens durch Abbrennen von gefällten Bäumen und Unterholz vor Beginn der Saat hatte jedoch verheerende Auswirkungen auf Skulpturen und Stelen auf den Plazas gehabt, wie Maudslay klagt. Aber auch der üppige Wuchs der Vegetation hatte große Zerstörungen an den Strukturen angerichtet.
Maudslay untersuchte, vermaß und fotografierte die teils mehr, teils weniger stark beschädigten Gebäude und Skulpturen und nahm mithilfe von Giuntini so viele Abdrücke von Stelen und anderen skulptierten Oberflächen wie möglich.

Kurz vor Beginn der Regenzeit schließlich wurden alle angefertigten Abdrücke sorgsam verpackt und in wasserdichten Stoff eingenäht. Diese leichten, wenngleich voluminösen Pakete brachten indianische Träger nach Izabal. Dort packte man sie in große Holzkisten um, und obwohl Mauslay glaubte, daß seine Abdrücke nun allen Gefahren entronnen waren, gab es weitere Schwierigkeiten: das Dampfschiff, auf dem er und "my treasures" von Lívingston aus abreisten, wurde navigierunfähig und trieb einige Tage hilflos vor der Nordküste Yucatáns herum. Schließlich wurden sie entdeckt und nach New Orleans gebracht, wo Maudslay seine Habseligkeiten in einen Dampfer nach England umpackte. Dieser wiederum lief einige Tage später auf ein Korallenriff vor Florida auf, und die Fracht mußte erneut umgeladen werden. Maudslays persönliches Gepäck erlitt Schaden - die Abdrücke blieben jedoch glücklicherweise unversehrt und trafen schließlich sicher in England ein.

3. Besuch
Im Jahr 1894 besuchte Maudslay zum dritten und letzten Mal die Ruinen von Copán - diesmal in Begleitung seiner Frau und im Auftrag des Peabody Museum of American Archaeology and Ethnology der Harvard University.

Das Peabody Museum hatte 1891 mit der Republik Honduras die Abmachung getroffen, daß das Museum zehn Jahre lang die "antiquities" von Honduras erforschen und eine Hälfte der gefundenen Objekte ausführen dürfe. Es folgten 1891 und 1892 erste Ausgrabungen in Copán. Da während der zweiten Saison 1892 der Leiter der Grabungen, John G. Owens, starb, und sich zunächst keine Ersatz-Person für die nächste Expedition fand, gewann das Peabody Museum den gerade mit seiner Frau durch Guatemala reisenden Maudslay dafür, als Repräsentant des Museum die Ausgrabungen zu leiten. Alfred und Anne Maudslay verbrachten daraufhin drei Wochen in Copán (1. bis 21. März 1894).

Maudslay nutzte diesen Aufenthalt auch zur Anfertigung von Abdrücken der in seiner Sammlung bislang noch fehlenden Inschriften sowie einiger neu entdeckter. In der "Biologia Centrali-Americana" lobt er die Arbeit der amerikanischen Archäologen und weist nicht ohne Stolz darauf hin, daß sich diese entschlossen hatten, die von Maudslay begonnene Nomenklatur der Strukturen und Skulpturen zu übernehmen und analog fortzuführen.¹¹⁷