Seine letzte große Grabungs-Expedition unternahm Maudslay 1891 nach Palenque. Er war nun 41 Jahre alt (eigentlich sollte dieser Abschnitt also besser "Mittlere Jahre und Lebensabend" heißen), und Graham vermutet, daß Maudslay bereits plante, daß dieser Expedition keine weiteren mehr folgen würden:

"... he was approaching middle age, there was much to be done on his volumes for the Biologia and, above all, he was about to embark in matrimony."⁸⁶

Am 31. Mai 1892 heirate Maudslay also Anne Cary Morris, deren Bekanntschaft er vor 20 Jahren als Tourist im amerikanischen Yosemite Park gemacht hatte, in der St. Pauls Kirche in Rom⁸⁷.
Von 1893 bis 1894 reisten sie zusammen durch Guatemala und Honduras. In Copán machten sie im März 1894 für drei Wochen Halt, da Maudslay vom Peabody Museum gebeten worden war, die dortigen Ausgrabungen zu beaufsichtigen; doch dies war keine Expedition mehr in dem selbstständig organisierten und durchgeführten, mehrmonatigen, unkomfortablen Sinne, wie Maudslay sie in den Vorjahren durchgeführt hatte.

Alfred und Anne Maudslay schrieben ein Buch über ihre Reiseerlebnisse in Guatemala: "A Glimpse at Guatemala", das 1899 bei John Murray, London, erschien.

1902 erschien der letzte Band der prächtigen "Biologia Centrali-Americana". Maudslays "Archaeology" betitelter Beitrag umfaßte Texte zu Quiriguá, Copán, den Ruinen bei Ixkún und Rabinal, Chaculjá, Tikal, Chichén Itzá und Palenque und wurde von großformatigen Tafeln seiner Fotos, Pläne und Zeichnungen begleitet.

Die Maudslays bauten sich im Tal von Oaxaca, am Rand des auf einem Hügel gelegenen Ortes San Pablo Cuatro Venado, ein Adobe-Haus, in welchem sie fünf Jahre in Folge jeweils die Hälfte des Jahres verbrachten. Direkt in der Nähe lag - an einem klaren Bach zwischen Pinien - die kleine Goldmine, die Maudslay gekauft (oder geerbt) hatte. In dem Haus bei San Pablo Cuatro Venado arbeitete Maudslay an der Übersetzung von Diaz del Castillos "True History of the Conquest of New Spain", gärtnerte und überwachte die Arbeiten in der Mine.
Nach 1907 unternahmen er und seine Frau ausgedehnte Reisen in die Mittelmeer-Region.

Später begaben sich Anne und Alfred auf die Suche nach einem Landhaus in England. Sie hatten nach ihrer Heirat zunächst am Montpelier Square in Knightsbridge, London, gelebt, wenn sie in England waren. Nun mieteten sie für eine Weile Stavordale Priory in Somerset, und einige Jahre später fanden sie schließlich ein Haus, das sie erwerben wollten: Morney Cross, ein am Wye River gelegenes Anwesen in Fownhope, Herefordshire. Auch hier konnte Maudslay nach Herzenslust angeln und gärtnern.

1923 wurde im British Museum die Ausstellung der von Maudslay in verschiedenen Maya-Ruinen angefertigten Abdrücke und Originale von Maya-Kunstwerken aus Yaxchilán und Copán eröffnet - eine große Genugtuung für ihn, nachdem er sich so lange bemüht hatte, die wertvollen Stücke ihrem traurigen Schicksal in den Lagerräumen des Victoria & Albert-Museums zu entreißen, wohin sie nach einer kurzen Ausstellung 1890 verbannt worden waren.
Diese Ausstellung im British Museum wurde im sogenannten Maudslay Room präsentiert.

1926 starb Anne. Sie soll in ihren späteren Jahren eine eher furchteinflößende Person gewesen sein, mit ihrer langen Nase und der Pince-Nez darauf, ihrer Ungeduld und einem Gesichts-Tick "which caused her to grimace alarmingly"⁸⁸. Nichtsdestotrotz verehrte sie ihren Maudslay sehr.

Zwei Jahre nach Annes Tod heiratete Maudslay seine verwitwete Nachbarin Mrs. Louisa Purdon, genannt Alice. Sie war dem Bericht einer Nichte zufolge eine fröhliche und freundliche Person "and must have been a comfort to his old age"⁸⁹. Mit ihr verlebte Maudslay drei gemeinsame Jahre, ehe er im Januar 1931 starb. Er wurde in der Gruft der Hereford Cathedral bei seiner ersten Frau Annie beigesetzt.